BitMagicGarden

自己解決しました。
PIXI.Graphicsを使うのをやめ、線の画像を用意してSpriteを伸ばしたり回転させたりして実現しました。

ウィンドウ上のグラデーションはポリゴンマスクのようです。PIXI.GraphicsのインスタンスをaddChildするとなぜかすべてのウィンドウにマスクがかかり、シーンが変わってもグラデーションが残り続けます。
WebGLでレンダリングした時のみ起こる現象で、Canvasレンダリングの時はグラデーションは起こらず、ちゃんと線だけ表示されます。
原因はrpg_core.jsの5888行目、WindowLayer.prototoype._webglMaskRectです。この関数でウィンドウ上にマスクをかけています。その結果ウィンドウが緑と赤に染まります。
もしウィンドウマスクを無効にしても問題ないなら、この関数を無効にしてもいいかもしれません。
なぜPIXI.Graphicsでウィンドウ全体にマスクがかかるのかはちょっとわかりませんでした。

詳しく解答してくださりありがとうございます。
勉強になりました。